理研メタデータベース サービス

データベースサイト   http://metadb.riken.jp

このサービスは実験サービスです。
利用規程をよくお読みになった上でサービスをご利用ください。

サービス概要

生命科学分野では、様々な研究成果がデータベースとしてインターネット上に公開されています。しかし、理研内アンケートから、「どのようなデータがどこにあり、どのように使うのか」という利活用のための説明情報が得られにくく、大きな問題となっていることが分かりました。
研究成果の利活用をさらに効率化するためには、データを説明するためのデータ(メタデータ)の導入が有効です。 例えば画像データのメタデータとして、画像の撮影日時、撮影者、映っている対象、撮影機材などが挙げられます。   データベースのメタデータは、作成者、公開URL、どんな生命現象を対象としているか、などであり、これらはいずれも公開されているデータやデータベースを説明するデータです。
メタデータは、特にライフサイエンスの複雑で多様なデータの説明のために活用されています。 世界のライフ系研究組織ではメタデータの公開が進んでおり、高度なデータ解析に使われ始めています。   また、研究機関を超えてデータ連携による共同研究、データ共有、データ統合実現のためにも活用されています。

ライフサイエンスデータベースサービスは、メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework(RDF)と呼ぶ枠組みに基づいてライフ系データの公開を支援するサービスです。 さらには、理研が公開しているデータベースにメタデータを付与し収集した「データベースカタログ」、いわゆるデータベースの電話帳機能を提供することで、理研内外の研究者が理研のデータベースやデータの所在を容易に発見できるようになります。


  サービスの詳細

1.データベースカタログサービス

データベースをすでに公開あるいは公開予定の方からデータベースを説明するメタデータ作成していただき、そのメタデータを公開するサービスです。 本サービスでは、理研データベースカタログとしてまとめ、世界に発信(閲覧及びダウンロード)します。 理研データベースカタログに付されるライセンスは、Creative Commons (http://creativecommons.org/) Attribution-ShareAlike (CC BY-SA)です。

2. メタデータベース公開サービス

表現型や特性情報などご自身の研究データを説明するメタデータを、世界標準の方式であるセマンティックウエブに準拠して公開するサービスです。メタデータは研究者自身でMicrosoft ExcelかRDF形式で作成していただきます。   本サービスでは、研究者(データ公開者)からメタデータを受け取り、データベースとして登録します。   本サービスでは各データベースについて、データクラスなどのデータ体系に即してテーブル形式やグラフ形式でデータをウエブブラウザ上で閲覧、検索、ダウンロードできる機能を提供します。 各データベースに付されるライセンスは、Creative Commons (http://creativecommons.org/) Attribution-ShareAlike (CC BY-SA)です。メタデータ公開サービスには、上記データベースカタログサービスが含まれています。


サービスの利用方法

サービスのご利用には申請が必要です。
申請については担当者に直接お問い合わせください。(accc-support@riken.jp)

申請後のメタデータの作成から公開までの流れを説明します。
以下の説明は、
1.データベースカタログサービス、
2.メタデータベース公開サービス
に共通のものです。

メタデータの作成

研究データやデータベースのメタデータを国際的に標準化された形式で作成することができます。RDF形式のデータをお持ちであれば、そのまま本サービスに入力できます。このほかに、テーブルにデータを書き込んで容易にメタデータを作成していただけるよう、Microsoft Excelファイル形式のテンプレートをご提供いたします。   テンプレートに必要事項を記載し、本サービスに送付していただくことで、メタデータが作成されます。

メタデータの公開

メタデータはウエブブラウザを用いてテーブル形式のグラフィカルユーザインターフェイス(GUI)を介して閲覧、検索が可能になります。   さらには、メタデータをRDFと呼ぶ世界標準形式でダウンロード配信することもできます。


利用申請

利用申請は、サービス担当者に直接お問い合わせください。(accc-support@riken.jp)


利用規程

本サービスは当面実験サービスとして運用いたします。本サービスには、理研クラウド実験サービス利用規程に加えて以下に掲げる規程が適用されます。

  • 番号で始まる理研IDをお持ちの方ならどなたでも申請できます。
  • 本サービスに不具合があっても対応できない場合があります。
  • 当面は無償でサービスをご提供しますが、利用レポートのご提出をお願いすることがあります。また、将来費用負担を頂く場合があります。
  • 実験サービスのため、計算機リソースには制限があります。大規模なメタデータの申請はお断りすることがあります。

その他

本サービスは、バイオインフォマティクス検討委員会データベース作業部会の提言に基づき、理研発の研究データの活発な流通、利用促進を図る目的で構築、運用されています。 ライフサイエンス系データの相互運用性のために、世界標準の語彙や研究コミュニティで標準化の努力が進んでいるデータ構造等を使ってメタデータを作成することが強く推奨されます。 このため、本サービスに入力されたメタデータについてデータベース作業部会等から相互運用性の観点から助言、変更依頼等をさせていただくことがあります。

研究者や社会において解決すべき問題を、コンピュータシミュレーションや情報処理、データベースによって解決。生物、人体、運動、物理と様々な分野・知識・技術を融合して取り組みます